То есть, я правильно понимаю, что у вас содержимое файлов такое:
test.c
void TestFunc(void)
{
}
test.h
#ifndef TEST_H
#define TEST_H
void TestFunc(void);
#endif
main.c
#include "test.h"
void main(void)
{
TestFunc();
}
Так? А ошибка происходит на этапе компиляции или линковки? Может быть просто не произошла компиляция test.c или линковщику не было передано имя объектного файла. Я с eclipse не работал напрямую. Но как я помню, IDE Momentics в QNX работает на Eclipse - с ним я работал и никаких проблем (кроме кое-каких глюков

) не было.