Суть вот в чем.
НулЁвые флешки форматированы как гибкие диски, т.е. один раздел (логический диск) на весь обьем с самого первого сектора носителя и записать IPL некуда.
PSP же форматирует флешку как жесткий диск, т.е в первом секторе создается таблица разделов, хотя и на один раздел и один логический диск, в которой указано с какого сектора начинается собственно логический диск. Вот между таблицей разделов и началом логического диска и пишется IPL утилитой msinst.
Multiloader_ipl.bin помещается в это пространство, а вот от классической пандоры нет. Поэтому была написана утилита mspformat, которая модифицировала таблицу разделов, чтобы отодвинуть начало диска.
Что характерно, форматирование в Windows не меняет вид формата флешки флоппи или HDD! Поэтому форматировать ли в Windows, или нет (разве чтобы быстро удалить все файлы), значения не имеет, но хотя бы раз консолькой обязательно!

Кстати, надо проверить, может так статься этот multiloader_ipl.bin с флешки не удалит никакое форматирование

, только ручками дискедитором. Хотя при работе с нормальной батарейкой он совершенно не помешает.