Rushan, пургу не гоните! Программа не умеет сама эти иконки выдумывать и прикреплять каждый раз при конвертации. Если вы их действительно из папки удалили.
Такого волшебства не бывает. А когда вы удалили иконки и заново сконвертировали игру без этих анимированных иконок, тогда что вам мешает просто взять и посмотреть что упаковалось в PKG например вот так:

Ну и потом, если вы сконвертировали игру раньше и установили на PS3, а потом заново сконвертировали её же буз анимированной иконки
ICON1.PAM и без мелодии
SOUND.AT3, так и в PKG их тоже уже не будет. А когда вы будете разархивировать этот PKG на плойку, то вы наверное должны догадываться, что случается с файлами с одинаковыми именами? Правильно, они перезаписываются, если лежать в той же папке, куда разархивируется архив PKG. А вот если в архиве нет тех файлов, которые ранее были разархивированы на плойке в папке игры, так после новой разархивации PKG без этих иконок, старые файлы на плойке не перезапишутся и там же останутся. Поэтому не надо тут изгаляться со своими доводами, как будто программа эту анимированную иконку каким-то волшебным образом откуда-то находит и пакует в PKG, а потом ещё и устанавливает. Если появляются подобные вопросы, так надо же в первую очередь проверить внутренности PKG и удостовериться, что удалённая иконка действительно не упаковалась.