Для ускорения процедуры закидывайте папку с бэкапом PS3 с флэшки на комп (лучше чтобы файлы игры и бэкап были на разных hdd), после инъекции закидываете папку обратно на флэшку.
И необязательно, чтобы флэшка была чистой, главное, чтобы папка с бэкапом поместилась.