Да я чё-та не представляю, как можно соспарить 2 банки различной ёмкости.
Если параллельно к одной плате контроллёра, то действительно одна будет заряжаться быстрее и кипеть, а вторая будет в простое под меньшей нагрузкой.
Контроллёр просто может останавливать заряд при полном заряде меньшей банки.
Может уравнять нагрузку, подсчитав и добавив сопротивление. Это уже лучше обратится к схемотехникам.
Если соединить последовательно, то напряжение будет складываться и будут выдавать 7,2V.